شرکت‌های متقاضی که برای قرار گرفتن در فرایند شناسایی به مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری مراجعه می‌کنند، توسط کارگروه ارزیابی وابسته به این مرکز مورد ارزیابی قرار می‌گیرند. شرکت دانش‌بنیان تولیدی نوع 1 از بالاترین درجه فناوری برخوردار است.

شرکت دانش‌بنیان تولیدی نوع 2 نیز در رتبه دوم قرار دارد و بیش از 1300 شرکت دانش‌بنیان توانسته‌اند به عنوان شرکت دانش‌بنیان تولیدی نوع 2 شناسایی شوند. شرکت‌های دانش‌بنیان با توجه به نیازهای کشور، در رشته های مختلفی، طبقه‌بندی می‌شوند.

فناوری زیستی، کشاورزی و صنایع غذایی، دارو و فرآورده‌های پیشرفته حوزه تشخیص، مواد پیشرفته، ماشین آلات و تجهیزات پیشرفته، وسائل، تجیزات و ملزومات پزشکی، برق و الکترونیک و فوتونیک و مخابرات، فناوری اطلاعات و ارتباطات و خدمات تجاری‌سازی، از جمله رشته‌های هستند که شرکت‌های دانش‌بنیان در آنها فعالیت می‌کنند.

در حدود 250 شرکت دانش‌بنیان در حوزه، فناوری زیستی، کشاورزی و صنایع غذایی، فعالیت می‌کنند. نزدیک به 300 شرکت نیز در بخش دارو و فرآورده‌های پیشرفته حوزه تشخیص، فعال هستند. شرکت‌های فعال در حوزه ماشین آلات و تجهیزات پیشرفته نیز بیش از 1250 شرکت دانش‌بنیان را شامل می‌شود.

شرکت‌های فعال در حوزه وسائل، تجهیزات و ملزومات پزشکی کمتر از 250 شرکت و شرکت‌های فعال در رشته‌های برق و الکترونیک و فوتونیک و مخابرات، فناوری اطلاعات و ارتباطات نیز بیش از 1000 شرکت هستند. بخشی از شرکت‌های دانش‌بنیان نیز در حوزه تجار‌ی‌سازی خدمات فعالیت دارند. مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری در تلاش است که سطح علمی شرکت‌های دانش‌بنیان را استفاده از برنامه‌های تشویقی ارتقاء دهد.